سه نوع آزمایش برای شناسایی هلیكوباكترپیلوری وجود دارد كه عبارتند از:

نمونه‌برداری و آزمایش یك تكه از بافت معده (بیوپسی( و آزمایش آنتی‌ بادی خون و آزمایش تنفسی.
نمونه‌برداری:

در نمونه ‌برداری از معده، یك تكه خیلی كوچك از معده برداشته میشود كه اصطلاحاً به این كار، بیوپسی (Biopsy) گفته میشود. این عمل در طی انجام آندوسكوپی صورت می‌گیرد. قطعه برداشته شده سپس در یك محلول مخصوص قرار داده میشود كه در صورت وجود عفونت هلیكوباكترپیلوری، رنگ این محلول تغییر می‌یابد. این آزمایش اصطلاحاً آزمایش اوره ‌آز (Urease test) می ‌نامند.

باكتری هلیكوباكترپیلوری یك پروتئین به نام اوره‌ آز ترشح می‌ كند كه موجب تغییر اوره به آمونیاك می شود (اوره ماده‌ای است كه در جریان خون و در ادرار وجود دارد و از تجزیه پروتئین‌ها به دست می‌آید). محلول تشخیصی كه قطعه برداشته شده از معده در داخل آن قرار داده میشود حاوی اوره و یك شاخص قلیایی می باشد. اگر در قطعه برداشته شده از معده، هلیكوباكترپیلوری وجود داشته باشد. اوره ‌ای كه در محلول وجود دارد به آمونیاك تبدیل میشود. و باعث می شود كه شاخص قلیایی كه در محلول موجود می ‌باشد تغییر رنگ دهد و آزمایش را مثبت نماید. نمونه برداشته شده را می‌توان به آزمایشگاه پاتولوژی فرستاد. در آنجا نه تنها می‌توان باكتری های هلیكوباكترپیلوری را مستقیماً زیر میكروسكوپ مشاهده نمود بلكه قادر هستیم التهاب معده را كه اصلاحاً به آن گاستریت گفته می شود را نیز تشخیص دهیم.
مزیت اصلی این آزمایشها در این است كه آنها دقیق ‌ترین آزمایش هایی هستند كه برای تایید اینكه آیا در هنگام آزمایش، هلیكوباكترپیلوری وجود داشته است، مورد استفاده قرار می‌گیرند. بعلاوه، در هنگام انجام آندوسكوپی، پزشك می‌تواند مشاهده نماید كه آیا شواهدی از وجود یك زخم وجود دارد یا خیر. عیب این آزمایش در این است كه برای انجام آن باید اقدام به آندوسكوپی نمود. هم در این آزمایش و هم در آزمایش های دیگر، در صورت مصرف دارویی به نام اومپرازول (Omeprazol) كه بدون اینكه باكتریها را بكشد باعث سركوب و پنهان شدن آنها میشود، تفسیر نتایج آزمایش می‌تواند به صورت غلطی انجام شود.

آزمایش تنفسی (تست تنفسی) :
همانند آزمایش نمونه‌برداری، آزمایش تنفسی اوره با استفاده از این واقعیت كه باكتری هلیكوباكترپیلوری موجب ترشح اوره‌ آز می‌ گردد و باعث می شود كه اوره به آمونیاك و دی‌اكسید كربن تبدیل شود انجام می‌ گردد. برای انجام این آز‍مایش، از شما خواسته می شود كه به مدت ۱۲ ساعت هیچ چیزی نخورید. سپس یك نوشیدنی حاوی اوره به شما داده می شود كه در آن مقدار خیلی كمی رادیواكتیو وجود دارد، نیم ساعت بعد، هوای بازدم تنفسی شما آزمایش می‌گردد. اگر هلیكوباكترپیلوری در معده شما وجود داشته باشد، اوره تبدیل به آمونیاك و دی‌اكسید كربن میشود كه از طریق ریه‌های شما همراه با مقادیر جزئی رادیواكتیو از راه تنفس خارج می‌گردد. سپس این ماده رادیواكتیو به وسیله یك دستگاه مخصوص كه در آزمایشگاه وجود دارد، اندازه‌گیری میشود.
مزیت این آزمایش در این است كه آزمایش راحتی بوده و زمان خیلی كمی برای انجام آن لازم دارد.
همانند آزمایش نمونه ‌برداری، این آزمایش نیز بسیار دقیق بوده و مشخص می ‌كند كه آیا شما در هنگام انجام آزمایش به هلیكوباكترپیلوری فعال مبتلا بوده‌اید یا خیر. این آزمایش را می ‌توان در صورت لزوم چندین بار تكرار نمود تا علوم شود كه آیا بعد از درمان، این عفونت از بین رفته است یا خیر.
عیب این آزمایش نیز همانند سایر آزمایشها در این است كه با مصرف داروی اومپرازول، نتایج غلطی ممكن است از آزمایش به دست آید.
آزمایش آنتی بادی خون :
همانند سایر عفونتها، عفونت هلیكوباكترپیلوری باعث شروع تولید آنتی بادی‌های خاصی در خون شما می‌گردد. با گرفتن یك مقدار اندك از خون شما و شناسایی این آنتی‌بادی‌ها در آن، وجود عفونت هلیكوباكترپیلوری در شما تایید می‌ گردد. وقتی كه این آنتی‌بادی‌ها در بدن شما ایجاد شدند، ممكن است به مدت چندین سال حتی بعد از اینكه این عفونت در بدن شما از بین رفت هم باقی بمانند. به همین دلیل، این آزمایش فقط در افرادی مفید می‌باشد كه تاكنون اقدام به درمان هلیكوباكترپیلوری نكرده‌اندو نمی‌توان بیشتر از یك بار از این آزمایش استفاده نمود. مزیت این آزمایش در این است كه آزمایش بسیار سریعی می باشد و می ‌توان آن را در مطب هم انجام داد. بر خلاف سایر آزمایش هایی كه برای شناسایی هلیكوباكترپیلوری به كار می‌رود، مصرف داروی اومپرازول باعث اختلال در تفسیر صحیحی این آزمایش نمی‌شود.